Μετά τη δεύτερη αποτυχημένη πολιορκία της πόλης από τους Οθωμανούς, το 1571 και την πυρπόληση του τότε προαστίου (σημερινή παλιά πόλη), οι Ενετοί αποφάσισαν να ενισχύσουν τις οχυρώσεις της. Το επιβλητικό Νέο Φρούριο κτίστηκε μεταξύ του 1576 και του 1588 στον λόφο ονομαζόμενο του Αγίου Μάρκου, σε σχέδια του γνωστού στρατιωτικού μηχανικού Ferrante Vitelli, ο οποίος επίσης εκσυγχρόνισε την άμυνα της πόλης με την προσθήκη σειράς τειχών με τις τάφρους τους, προμαχώνων και βοηθητικών οχυρώσεων. Στη διάρκεια της Βρετανικής Προστασίας (1814-1864), προστέθηκαν και μερικές άλλες, πιο σύγχρονες οχυρώσεις, όπως ο πέτρινος οχυρωμένος στρατώνας στην κορυφή του φρουρίου, που αποτελούσε και την τελευταία γραμμή άμυνας. Προστέθηκε επίσης το μεγάλο πλινθόκτιστο κτίριο προς την πλευρά του λιμανιού της πόλης, το οποίο χρησιμοποιήθηκε στις αρχές του 20ου αιώνα ως Σχολή της Αστυνομίας Πόλεων και σήμερα στεγάζει Tον Ναυτικό Σταθμό Κέρκυρας. Το 1923, τα δύο φρούρια βομβαρδίστηκαν από την Ιταλική αεροπορία στη διάρκεια του «Κερκυραϊκού Επεισοδίου». Να σημειωθεί ότι τότε είχαν βρει καταφύγιο στις υπόγειες γαλαρίες του Νέου Φρουρίου Έλληνες πρόσφυγες από την Μικρά Ασία.